國防人才培育推動辦公室
人才培育辦公室設執行長1名，負責人才培育辦公室事務(含原前瞻系統工程教育學院院級事務)。另設副執行長1名，由「系統工程與科技學士學位學程」主任兼任。另設共同執行長及共同副執行長各1名，由國防大學理工學院指派與本校合聘之教師兼任。下設執行委員會與院級課程委員會等二個常設委員會，負責推動教育部與國防部核准之「國防大學與國立陽明交通大學教育合作計畫」，處理本校「系統工程與科技學士學位學程」之院級相關事務。
國防科技業務推動辦公室
科技推動辦公室設執行長1名，負責科技推動辦公室事務(含原國防科技研究推動總中心事務)。另設諮議委員會，置諮議委員5至9人，每年召開會議乙次，必要時得召開臨時會。